国民健康保険の保険者（運営主体）は、原則として市町村および特別区ですが、その他にも同種の事業または業務に従事する者300人以上の集団で全国一本または都道府県別に設立される国民健康保険組合（国保組合）があります。主な業種は、医師、歯科医師、薬剤師、食品販売業、土木建築業、理容美容業、弁護士ですが、市町村国民健康保険（市町村国保）への影響に配慮して、今後の新設は認めないこととされています。市町村国保の被保険者は、その市町村の住民のうち、被用者保険の被保険者と被扶養者、生活保護法による保護を受けている世帯に属する者、国保組合の被保険者などを除く者になります。なお、国保の適用者については、退職者医療制度の適用者を除いて、被保険者と被扶養者の区別はなく、世帯主および世帯員ともに被保険者となります。